Położony na południe od wzgórza, na którym stoi słynny Convento do Cristo, klasztor i kościół św. Franciszka stanowią świadectwo wytrwałości zakonników. Droga do powstania tego kompleksu naznaczona była długotrwałym sporem prawnym.

Chociaż bracia franciszkanie otrzymali królewskie pozwolenie na budowę już w 1562 roku, przełożony potężnego lokalnego Zakonu Chrystusa zaciekle sprzeciwił się temu projektowi, wszczynając batalię prawną o tę nieruchomość. W związku z tym budowa rozpoczęła się dopiero w 1624 roku. Trzymali się samej idei tego klasztoru przez ponad 42 lata!

Architektura kościoła stanowi podręcznikowy przykład tzw. stylu prostego. Jest to charakterystyczne dla Portugalii podejście architektoniczne, charakteryzujące się geometrycznymi liniami i wyraźnym brakiem ciężkich elementów dekoracyjnych na zewnątrz. Wewnątrz szczególną uwagę przyciąga ołtarz.

Przedstawia on nie tylko Jezusa, ale także Dismasa i Gestasa – dwóch złoczyńców u Jego boku – a nawet rzymską armię, która przybiła Go do krzyża.

Po rozwiązaniu zakonów w 1834 roku klasztor przeszedł radykalną sekularyzację, służąc przez pokolenia jako koszary wojskowe. Jednak ten zabytkowy kościół z powodzeniem przetrwał te burzliwe polityczne zawirowania i pozostaje w pełni aktywny do dziś.