Situados al sur de la colina en la que se alza el famoso Convento do Cristo, el convento y la iglesia de São Francisco son un testimonio de la tenacidad monástica. El proceso de construcción del complejo estuvo marcado por un largo litigio.

Aunque los frailes franciscanos recibieron inicialmente permiso real para construir aquí en 1562, el maestro de la poderosa Orden de Cristo local se opuso con vehemencia al proyecto, lo que desencadenó una batalla legal por la propiedad. Así pues, no fue hasta 1624 cuando comenzaron las obras. ¡Se mantuvo viva la idea misma de este convento durante más de 42 años!

La arquitectura de la iglesia, que constituye un ejemplo paradigmático del llamado «estilo sencillo». Un enfoque arquitectónico exclusivamente portugués, con líneas geométricas y una marcada ausencia de ornamentación exterior recargada. En el interior, el retablo acapara especial atención.

En él no solo aparece Jesús, sino también Dismas y Gestas, los dos ladrones a su lado, e incluso el ejército romano que lo clavó en la cruz.

Tras la disolución de las órdenes religiosas en 1834, el convento sufrió un cambio radical hacia el ámbito secular, sirviendo durante generaciones como cuartel militar. Sin embargo, la histórica iglesia superó con éxito estas turbulentas convulsiones políticas y sigue plenamente activa hasta el día de hoy.