Ten zuiden van de heuvel waarop het beroemde Convento do Cristo staat, getuigen het klooster en de kerk van São Francisco van de veerkracht van het kloosterleven. De totstandkoming van het complex ging gepaard met een langdurig juridisch geschil.

Hoewel de franciscaanse broeders hier in 1562 oorspronkelijk koninklijke toestemming hadden gekregen om te bouwen, verzette de magister van de machtige plaatselijke Orde van Christus zich fel tegen het project, wat leidde tot een juridische strijd over het terrein. Pas in 1624 werd dan ook begonnen met de bouw. Meer dan 42 jaar lang hielden ze vast aan het idee van dit klooster!

De architectuur van de kerk is een schoolvoorbeeld van de zogenaamde ‘Plain Style’. Een unieke Portugese architectonische benadering, gekenmerkt door geometrische lijnen en een opvallend gebrek aan zware uiterlijke versieringen. Binnen trekt het altaarstuk bijzondere aandacht.

Hierop zijn niet alleen Jezus afgebeeld, maar ook Dismas en Gestas, de twee dieven aan zijn zijde, en zelfs het Romeinse leger dat hem aan het kruis nagelde.

Na de ontbinding van de religieuze ordes in 1834 onderging het klooster een ingrijpende seculiere transformatie en deed het generaties lang dienst als militaire kazerne. Toch heeft de historische kerk deze turbulente politieke omwentelingen met succes doorstaan. Ze is tot op de dag van vandaag volledig in gebruik.