John Berchmans był najstarszym synem szewca Johna Charlesa Berchmansa i jego żony Elizabeth. Wychowany w pobożnej katolickiej rodzinie w czasie konfliktu religijnego w Niderlandach, wcześnie wykazał pragnienie życia religijnego. W wieku trzynastu lat został służącym w domu kanonika Johna Froymonta w Mechelen (Malines), co pozwoliło mu kontynuować naukę pomimo trudności finansowych rodziny.

Zainspirowany przykładem św. Alojzego Gonzagi i angielskich męczenników jezuickich, postanowił wstąpić do Towarzystwa Jezusowego (jezuitów) pomimo sprzeciwu rodziny. 24 września 1616 r. wstąpił do nowicjatu jezuitów.

Po złożeniu pierwszych ślubów w 1618 r. Berchmans został wysłany do Rzymu, aby studiować filozofię w Kolegium Rzymskim (obecnie Papieski Uniwersytet Gregoriański). Znany był ze swojej pracowitości, pogody ducha, pokory i oddania codziennym obowiązkom - co podsumowuje jego motto: "Nie tyle robienie wielkich rzeczy, co robienie dobrze tego, co się robi".

Berchmans zmarł młodo, w wieku dwudziestu dwóch lat, 13 sierpnia 1621 r., po zachorowaniu na gorączkę i czerwonkę w Rzymie.
Został beatyfikowany przez papieża Piusa IX w 1865 roku i kanonizowany przez papieża Leona XIII 15 stycznia 1888 roku. Jego serce jest przechowywane jako relikwia w Leuven (Louvain) w Belgii.

Święty Jan Berchmans jest czczony na całym świecie, a jego imieniem nazwano szkoły i kościoły.