John Berchmans war der älteste Sohn eines Schuhmachers namens John Charles Berchmans und seiner Frau Elizabeth. Er wuchs in einer frommen katholischen Familie in einer Zeit religiöser Konflikte in den Niederlanden auf und zeigte schon früh den Wunsch nach einem religiösen Leben. Im Alter von dreizehn Jahren wurde er Diener im Haushalt des Kanonikers John Froymont in Mechelen (Malines), was es ihm ermöglichte, seine Studien trotz der finanziellen Schwierigkeiten seiner Familie fortzusetzen.

Inspiriert durch das Beispiel des heiligen Aloysius Gonzaga und der englischen Jesuiten-Märtyrer beschließt er, trotz des Widerstands seiner Familie der Gesellschaft Jesu (Jesuiten) beizutreten. Am 24. September 1616 trat er in das Noviziat der Jesuiten ein.

Nachdem er 1618 seine ersten Gelübde abgelegt hatte, wurde Berchmans nach Rom geschickt, um am Römischen Kolleg (der heutigen Päpstlichen Universität Gregoriana) Philosophie zu studieren. Er war bekannt für seinen Fleiß, seine Fröhlichkeit, seine Bescheidenheit und seine Hingabe an die täglichen Pflichten - zusammengefasst in seinem Motto: "Nicht so sehr große Dinge tun, als vielmehr gut tun, was einem aufgetragen wird."

Berchmans starb jung, im Alter von zweiundzwanzig Jahren, am 13. August 1621, nachdem er in Rom an Fieber und Dysenterie erkrankt war.
Er wurde 1865 von Papst Pius IX. seliggesprochen und am 15. Januar 1888 von Papst Leo XIII. heiliggesprochen. Sein Herz wird als Reliquie in Leuven (Louvain), Belgien, aufbewahrt.

Der heilige Johannes Berchmans wird weltweit verehrt, Schulen und Kirchen sind nach ihm benannt.