John Berchmans était le fils aîné d'un cordonnier nommé John Charles Berchmans et de son épouse Elizabeth. Élevé dans une famille catholique fervente à une époque de conflits religieux dans les Pays-Bas, il manifeste très tôt un désir de vie religieuse. À l'âge de treize ans, il devient serviteur chez le chanoine John Froymont à Malines, ce qui lui permet de poursuivre ses études malgré les difficultés financières de sa famille.

Inspiré par l'exemple de saint Aloysius Gonzaga et des martyrs jésuites anglais, il décide de rejoindre la Compagnie de Jésus (Jésuites) malgré l'opposition de sa famille. Il entre au noviciat des Jésuites le 24 septembre 1616.

Après avoir prononcé ses premiers vœux en 1618, Berchmans a été envoyé à Rome pour étudier la philosophie au Collège romain (aujourd'hui Université pontificale grégorienne). Il était connu pour son assiduité, sa gaieté, son humilité et son dévouement aux tâches quotidiennes, résumés dans sa devise : "Pas tant faire de grandes choses que bien faire ce qu'on nous dit de faire".

Berchmans est mort jeune, à l'âge de vingt-deux ans, le 13 août 1621, après avoir contracté la fièvre et la dysenterie à Rome.
Il a été béatifié par le pape Pie IX en 1865 et canonisé par le pape Léon XIII le 15 janvier 1888. Son cœur est conservé comme relique à Leuven (Louvain), en Belgique.

Saint Jean Berchmans est honoré dans le monde entier, des écoles et des églises portant son nom.