"Situationen håller på att förbättras", enligt generaldirektoratet för civil luftfart(DGAC).
De franska myndigheterna har bett flygbolagen att minska sina flygningar med 15% idag, jämfört med den 40%-iga minskning som begärdes på söndagen.
"Trots dessa förebyggande åtgärder väntas förseningar", sade myndigheten i ett uttalande.
DGAC gav inga detaljer om orsaken till felet.
Den franska flygplatsens flygledningssystem registrerade ett fel på söndagen, som ännu inte hade åtgärdats på kvällen, vilket ledde till att cirka 130 flygningar ställdes in, hälften vid avgång och hälften vid ankomst, det vill säga cirka 40% av de 330 planerade flygningarna.
Paris-Orly Airport trafikeras av inrikes- och utrikesflyg, bland annat till de flesta europeiska länder och USA.
Över 33 miljoner passagerare passerade Paris-Orly förra året, vilket är ungefär hälften så många som på Paris-Charles-de-Gaulle, enligt siffror från operatören Aeroport de Paris.
I augusti störde ett fel bagagehanteringssystemet vid Paris-Orly Terminal 4 i mer än 12 timmar. Det "aldrig tidigare skådade" avbrottet drabbade cirka 10.000 passagerare mitt under sommarens högsäsong, vilket ledde till försenade avgångar och tvingade flygbolagen att genomföra flygningar utan incheckat bagage.