Estudió humanidades con los jesuitas y teología con los dominicos. Ordenado sacerdote en 1676, trabajó durante varios años en la región de Kanara, en el sur de la India.

Tras casi diez años en Kanara, regresó a Goa y, en 1686, fundó allí un Oratorio de San Felipe Neri junto con un grupo de sacerdotes, contando con el asesoramiento y la ayuda de las casas oratorianas que entonces existían en Portugal. Solo un año después, en 1687, sintió la llamada de abandonar Goa y partir como misionero a la isla de Ceilán, hoy Sri Lanka.

Permaneció en esa isla durante veinticuatro años, ejerciendo su ministerio sacerdotal en circunstancias muy restrictivas. Fue perseguido sin tregua por las opresivas autoridades calvinistas holandesas, que querían poner fin a sus esfuerzos, en solitario pero exitosos, por reconstruir la Iglesia y mantener vivo el catolicismo en Ceilán. Tenía que desplazarse por todas partes disfrazado y se veía obligado a celebrar los sacramentos en secreto por la noche.

El padre Vaz decidió establecer su base en el reino de Kandy, en el interior de la isla. A su llegada allí, fue detenido como espía y encarcelado. Fue puesto en libertad después de haber rezado y obtenido lo que todos consideraron una lluvia milagrosa, que puso fin a una prolongada sequía. A partir de entonces, el rey budista de Kandy le concedió su protección personal.

En 1696, varios padres del Oratorio de Goa se unieron a él en Ceilán, y allí se estableció una misión debidamente constituida. El P. Vaz rechazó el cargo de vicario apostólico, prefiriendo seguir siendo un simple sacerdote misionero. Entre sus otras labores pastorales, tradujo un catecismo y oraciones a las lenguas locales, el cingalés y el tamil. La gente lo llamaba «Sammanasu Swam», el sacerdote angelical.

A principios de 1711, sabía que se estaba muriendo. El 16 de enero recibió la extremaunción con los miembros de su rebaño reunidos alrededor de su lecho. Les dijo: «Vivid siempre según la inspiración de Dios». Falleció a medianoche. Tenía sesenta años.

Lamentablemente, se desconoce el paradero exacto de sus restos.

Fue beatificado en Sri Lanka por el papa Juan Pablo II el 21 de junio de 1995, y canonizado allí por el papa Francisco el miércoles 14 de enero de 2015.

Su festividad se celebra el 16 de enero.