Am 5. Februar 1597 wurde er in Japan zusammen mit fünfundzwanzig Gefährten zum Märtyrer, weil er entgegen den Befehlen von Taiko Toyotomi Hideyoshi das Christentum gepredigt hatte.

Er diente zunächst als Missionar in Mexiko und später auf den Philippinen. Im Jahr 1593 wurde er als Beauftragter seines Ordens nach Japan entsandt. Dort gründete er Kirchen und Krankenhäuser und bekehrte viele zum Christentum.

Aufgrund wachsender religiöser Unruhen und politischer Umwälzungen - verschärft durch die Strandung eines spanischen Schiffes in Japan, die den Verdacht aufkommen ließ, dass die Missionare eine Eroberung vorbereiteten - ordnete Hideyoshi jedoch ihre Verhaftung an. Petrus Baptist und seine Gefährten, darunter drei Jesuiten und fünfzehn Mitglieder des Dritten Ordens, wurden öffentlich vorgeführt, ihnen wurden Teile ihrer Ohren verstümmelt, und sie wurden nach Nagasaki gebracht, wo sie gekreuzigt wurden.

Sie wurden 1862 von Papst Pius IX. heiliggesprochen und sind als die Märtyrer von Japan bekannt.