La modificación de las cláusulas asigna mayores responsabilidades al ayuntamiento, que ahora tiene autoridad para emprender procedimientos internos y externos (es decir, contratación pública) para el desarrollo del diseño y los estudios museográficos, que prepararán el espacio para su apertura al público.

El objetivo de estas entidades es simplificar los términos de la asociación para agilizar el proceso de renovación del Centro Museístico y permitir a la comunidad recuperar el acceso a la historia y a un espacio patrimonial largamente deseado.

Cabe destacar que el Protocolo de Gestión Compartida del Centro Museístico de Lagos del Museo Nacional del Ferrocarril se firmó en una ceremonia conmemorativa celebrada en el Centro Cultural de Lagos el 30 de julio de 2022, precisamente en la fecha de celebración del centenario de la llegada del tren a Lagos.

El papel característico de la estación como terminal de ramal dio lugar a la existencia de un importante establo de locomotoras y una plataforma giratoria. Con la construcción y puesta en servicio de la nueva estación de ferrocarril -ya en el siglo XXI- se desmanteló la antigua estación de Lagos, conservándose dichas estructuras e integrándose en el patrimonio de la Fundación como Centro Ferroviario, permaneciendo abierta a las visitas durante varios años. La necesidad de una renovación más integral del edificio, la falta de un espacio expositivo y la carencia de recursos humanos para mantener el espacio de forma permanente condujeron finalmente a su cierre. Sin embargo, tanto la Fundación como el Ayuntamiento siempre han considerado este cierre como temporal, sin perder nunca de vista el objetivo de poner en valor el espacio y reabrirlo al público.

En el protocolo firmado en su día, el Ayuntamiento ya reconocía su voluntad de aceptar la cesión de la gestión del Centro Museístico de Lagos, acometer las obras de rehabilitación de las antiguas caballerizas y su entorno, y el posterior mantenimiento del edificio, aportando el equipamiento y los recursos humanos para el funcionamiento del Centro, incluyendo su apertura al público, vigilancia, limpieza, promoción y desarrollo. En la actualidad también es responsable del desarrollo de los proyectos.